법인등기 변경에 따른 등록면허세 납부규정 개정과 그 법적 함의

I. 서론 

2025년 상업등기법 개정에 따라 법인 본점 및 지점의 이전 또는 설치와 관련한 등록면허세 납부 방식에 중대한 변화가 발생하였다. 특히, 관외 이전과 관내 이전 간 등록면허세 납부 방식의 통일 및 지점등기제도의 실질적 폐지는 법인의 등기 실무에 큰 전환점을 제공한다. 이 글에서는, 개정 내용을 분석하고, 관련 판례 및 법령 해석을 통해 그 법적 의미를 고찰하고자 한다.

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II. 본점 이전과 등록면허세 납부 기준의 변화 

1. 종전 제도

기존에는 법인이 본점을 관외로 이전할 경우, 구소재지 및 신소재지 양 지방자치단체에 각각 등록면허세를 납부해야 했다. 이는 등록면허세의 부과 기준을 등기 원인의 발생지와 등기 행위의 관할로 구분한 데에 기초하였다.

2. 개정된 규정의 주요 내용

개정된 상업등기법 및 지방세법 시행령에 따르면, 2025년 이후 관외 이전 시에도 등록면허세는 신소재지 지방자치단체에만 납부하도록 변경되었다.

「지방세법 시행령」 제28조 제1항 개정: “법인의 본점 또는 주사무소의 이전으로 인한 등기 시, 이전 후 소재지 관할 지방자치단체에 등록면허세를 납부한다.”

 

즉, 관내·관외 이전을 불문하고 동일한 방식의 납부 체계를 갖게 되었으며, 이로써 납세자의 이중부담을 해소하는 효과가 발생하였다.

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III. 지점 설치 및 이전에 따른 제도적 변화 

1. 지점등기제도의 폐지

지점에 관한 별도의 등기부가 2025년부터 폐지되면서, 지점에 대한 독립적 등기 신청이 불가능해졌다. 이에 따라 등록면허세 납부 방식도 지점 소재지 기준의 일원화가 이뤄졌다.

2. 변경된 납부 방식

• 지점 설치 시: 해당 지점이 소재할 관할 지방자치단체에 등록면허세 납부
• 지점 이전 시: 신지점 소재지 관할 지방자치단체에만 납부

3. 등기신청 관할의 제한

지점 관련 등기는 본점 소재지 관할 등기소에서만 신청 가능하다. 이는 지점등기 폐지에 따른 관할 간소화의 일환이다.

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IV. 제도 변경의 실무상 시사점 

본점 이전 및 지점 설치·이전에 따른 등록면허세 납부 방식의 간소화는 법인의 행정적 부담을 크게 줄이며, 등기 관할의 유연성 확보는 절차 효율성을 제고시킨다.

구분	등록면허세 납부처	등기신청 장소
본점 이전	신소재지 지방자치단체	구소재지 또는 신소재지 등기소 중 선택 가능
지점 설치/이전	신지점 소재지 지방자치단체	본점 소재지 등기소에 한함

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V. 결론 

이번 개정을 통해 등록면허세 납부의 중복성을 해소하고, 등기 행위의 법적 실효성에 부합하는 과세체계를 확립하였다는 점에서 그 법적 의미는 크다. 실무자 및 납세자 모두에게 보다 명확하고 간결한 기준을 제공함으로써 등기 및 세무 행정의 일관성과 예측 가능성이 제고되었다. 앞으로도 관련 실무에 있어 판례 및 행정지침의 지속적 해석이 요구될 것이다.

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